“及时有效的收集、运输、处理和处置是全面实施的。”疫情爆发后，生态环境部对医疗污水做出了上述规定。目前，全国各地的医疗废物和医疗废水处理处置工作稳定有序，未发现因疫情防控而影响环境安全的现象。与一般生活污水相比，医用污水的组成更为复杂，包括病原微生物、各种检测试剂和常规污染物。
根据医疗机构(GB18466-2005)水污染物排放标准，传染病医疗机构污水排放标准的卫生指标为粪便大肠菌群数量小于100MPN/L，不能检出肠道致病菌和肠道病毒。这也意味着处理，收集和运输设施和设备，保护消毒代理和安全保护材料，从标准的设施，检测和监测要进行有效的监督和监督，预防和控制链中的许多环节都面临着严峻的挑战。在此之前，一系列医疗污水处理的“路线图”相继生效:2006年实施的“医疗机构水污染物排放标准”，2013年实施的《医院污水处理工程技术规范》《疫源地消毒通则》2015年发布，不仅保证了医疗污水的标准排放，也提高了城市污水处理应对突发事件的能力。这也要求对医院产生的污水、废气和污泥进行全面控制，并明确消毒时间和余氯量。
同时，COD、BOD5、SS、氨氮等理化指标更为严格。一般来说，如何处理医疗污水和污水？医用废水处理一般分为一级处理+消毒、二级处理+消毒。具体而言，污水应进入化粪池进行厌氧发酵，然后从化粪池进入格栅。去除大颗粒和杂物后，污水应由调节池、沉淀池和消毒池处理，直至进入市政管网排放和河流排放。“它主要经历7个步骤:收集、网格、调节、絮凝反应、沉淀、消毒和检测。”目前，99.4%的定点医院拥有污水处理设施，其余0.6%的定点医院采取应急措施处理污水。到目前为止，中国已经形成了从医院病房防疫到医院污水处理，再到接受定点医院污水的城市污水处理厂的三级保护体系。
作为病毒受灾严重的地区，医院污水源头直接消毒通常被视为污染防治的关键核心环节。除了一些大型医疗机构采用臭氧和二氧化氯消毒外，大多数定点医疗机构、新建和投入使用的医院以及临时集中隔离场所都采用次氯酸盐。“处理过的医用污水是否达到标准主要取决于两个具体标准。”其中，作为医疗污水处理的重要指标--余氯指标要求也较高。
公开信息表明，余氯是指氯放入水中后留在水中的有效氯，除了对细菌、微生物、有机物、水中的无机物质等，消耗一部分氯。疫情爆发前，医院污水经处理后排入城市污水处理厂，处理后水余氯指数为2-8mg/L;医院污水处理后，不排入城市污水处理厂，处理后水中余氯指数为3μg10mg/L。在上限下，使用的含氯消毒剂越多，消毒灭菌效果越好。
疫情爆发后，余氯含量指数为6.5~10mg/L，需要用氯灭菌两次。对于在家或公共场所的正常消毒，主要使用氧化剂等消毒剂，通常与污染物中的还原物质迅速中和，排入下水道的普通化学品之间没有区别。生态环境部发布的环境质量监测结果还显示，1月20日至2020年2月29日，生态环境部共对11474个饮用水源进行了监测，未发现饮用水源水质受到疫情防控的影响。其中，就湖北而言，125个水源的地质都达到了或超过了三级标准。武汉市19个饮用水源的水质已达到或超过三级标准。